Nun begannen die Klöster diverser buddhistischer Richtungen und Auslegungen miteinander um den Vorrang zu kämpfen.

Nachdem im 13. Jh. in China die mongolische Yuan-Dynastie an die Regierung gekommen war, sandte der Khan einen Trupp nach Tibet, um dort ein Oberhaupt auszumachen, mit dem man in Verhandlungen treten könne - man lernte die tibetischen, religiösen Führer schätzen. Der Lamaismus mit seiner Tendenz zu schamanistischen Praktiken lag den mongolischen Großkhanen, die ebenso wie die Tibeter einen naturverbundenen, nomadischen Hintergrund hatten, viel eher als der völlig abstrakte, rein philosophische Chan-Buddhismus (Zen) der Chinesen. Schnell wurden enge Verbindungen aufgebaut.

Die Mongolen gliederten Tibet in ihre bis ins Detail durchstrukturierte Administration ein. Man wollte von dort aus das angrenzende Song-Reich angreifen, das sich beim Ansturm der Mongolen vom chinesischen Großreich abgespalten hatte und nun für sich beanspruchte, das wahre "Land der Mitte" zu sein.

Auf Basis dieser Tradition - schließlich hatten die tibetischen Führer seinerzeit die "chinesische" Oberhoheit anerkannt - kam es dann auch unter der berühmten Ming-Dynastie (1368-1644) und den Mandschu (1644-1911) dazu, daß China die Oberhoheit über Tibet beanspruchte. Die Mandschu nutzten dabei den Fall, daß 1717 die Dsungaren in Tibet einfielen. Das chinesische Reich "befreite" Lhasa und sah Tibet fortan als "Protektorat" an.